呼和浩特市第二医院是一所集医、教、研为一体，由中华人民共和国卫生部授予的三级甲等传染病专科医院。
呼和浩特市第二医院的前身是中国人民志愿军532医院，该院于1958年5月从朝鲜战场归国后，集体转业组建了呼和浩特市传染病医院，1991年更名为呼和浩特市第二医院。
医院定编床位400张，建筑面积2.5万平方米，其规模、设施、诊疗、消毒、隔离等条件均为自治区同类医院之首。门诊、病房、供应室均按照法定的传染病管理规范设计，布局合理，隔离严密。每间病室设1-3张病床，有独立的卫生间和洗漱间，病房楼之间的病室设双通道，内外走廊，院内绿数成荫，亭台花榭，曲径通幽，花园式建设已初具规模。
医院在发展上强化区域间合作，实行强强联合。2001年医院成为全国知名、技术力量雄厚的三级甲等传染病医院----北京佑安医院分院。该院定期派专家来医院进行临床术、科研、教学指导，医院一直派医务人员到该院进修、培训、学习先进的医学科学技能及管理经验，使整体服务水平不断追踪新高峰。
医院重视科教兴医，近几年来，获自治区医学成果奖1项，市级科技进步奖6项。多年来，承担着内蒙古医学院传染病教学任务，是临床见习和实习基地，2008年通过卫生厅联合医学院所做的教学医院的教学评估，现有3名医学院兼职教授。2009年被评为自治区传染病重点学科，同年，被国家中医药管理局评为防治重大传染病重点研究室。也是首府地区手足口、H1N1甲流、H7N9甲流、艾滋病、布氏杆菌病定点收治单位。
医院科室设置齐全，设备先进，设有百万级层流手术室、负压病房、ICU病房。主要诊治各型肝炎、肝硬化、肝腹水以及呼吸系统、消化系统、神经系统等各种常见疑难传染性疾病，并采用中西医结合治疗技术、人工肝支持治疗技术、腹水浓缩回输技术及腔镜下介入治疗技术，救治了许多重症肝病患者，医院运用母婴阻断技术，直接降低了乙肝垂直感染的发病率，阻断成功率达97%以上，为乙肝育龄妇女带来了福音。
医院将不断完善肠道、呼吸道、皮肤性病、肝癌介入和针对传染病患者的血液透析、外科、病理科、妇产科等特色科室。把医院建设成为一所真正的“大专科、小综合”的现代化传染病专科医院。
内蒙古自治区肿瘤医院
类型：三甲公立
地址：内蒙古自治区呼和浩特市赛罕区昭乌达路42号
呼和浩特市第一医院
类型：三级公立
地址：总院:内蒙古自治区呼和浩特市玉泉区南二环150号,金川分院:内蒙古自治区呼和浩特市科技路与金海路交叉口东北100米
内蒙古自治区人民医院
类型：三甲公立
地址：内蒙古自治区呼和浩特市赛罕区昭乌达路20号
内蒙古自治区中医医院
类型：三甲公立
地址：内蒙古自治区呼和浩特市新城区健康街11号
呼和浩特市蒙医中医医院
类型：三级公立
地址：内蒙古自治区呼和浩特市赛罕区包头大街9号
托克托县医院
类型：二级公立
地址：内蒙古自治区呼和浩特市托克托县双河镇新建中路95号
内蒙古医科大学附属医院
类型：三甲公立
地址：内蒙古自治区呼和浩特市回民区通道北街1号
清水河县医院
类型：二级公立
地址：内蒙古自治区呼和浩特市城关镇永安街38号
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